Учредителями ГБУ СШОР Пушкинского района являются комитет имущественных отношений Санкт-Петербурга и администрация Пушкинского района. Управление учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской федерации и правовыми актами Санкт-Петербурга, уставом и указаниями Учредителя. Учреждение возглавляет директор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Администрацией в соответствии с правовыми актами Санкт-Петербурга. Директор осуществляет оперативное руководство деятельностью учреждения и действует на основе единоначалия. Директор без доверенности осуществляет действия от имени учреждения, в том числе заключает гражданско-правовые и трудовые договора.
Подробная информация о структуре управления организацией находится в уставе ГБУ СШОР Пушкинского района.